Το 1979 το ποδόσφαιρο γίνεται επαγγελματικό και ο Απόλλων ΠΑΕ. Το 1995, κάνει την έκπληξη. Στα τελευταία 12 παιχνίδια της περιόδου επιτυγχάνει 11 νίκες περνώντας τα φαβορί και από 10ος τερματίζει 4ος μπαίνοντας στα σαλόνια της Ευρώπης και από Ευρωπαίος της Σμυρνης του 1891 γίνεται Ευρωπαίος της Αθήνας του 1995. Δυστυχώς, όμως, η κακή διαχείριση της επιτυχίας από την τότε διοίκηση, έφερε την κατακόρυφη πτώση της ποδοσφαιρικής ομάδας στη Β΄Εθνική, το 2000 και στη Γ΄Εθνική το 2005. Η κατάσταση έγινε εκρηκτική, με αποτέλεσμα την παραίτηση της τότε διοίκησης.

Τα πράγματα έγιναν χειρότερα με αποτέλεσμα το 2007 να βρεθεί ο Απόλλων στη Δ΄Εθνική (ερασιτεχνική) Κατηγορία, γεγονός ισοδύναμο της καταστροφής για ομάδα με τέτοια ιστορία.

Το 2009 γίνεται χορηγός του ερασιτεχνικού τότε συλλόγου, ένας ρομαντικός λάτρης του ποδοσφαίρου και ειλικρινής οπαδός του Απόλλωνα, ο Σταμάτης Βελλής, που αναλαμβάνει να τον οδηγήσει εκεί που ανήκει. Επανιδρύει, ουσιαστικά την ομάδα σε πρότυπα ΠΑΕ, σε συνεργασία με τον Γ.Σ., πρόεδρος του οποίου τότε ήταν ο Α. Καμάρας και μετά 2 χρόνια την οδηγεί στην Γ΄ Εθνική, όπου βρίσκεται σήμερα. Κάνει πρωταθλητισμό, κερδίζει το Κύπελλο ΕΠΣΑ και ξαναδίνει λίγη από τη χαμένη αίγλη στην ομάδα, φέρνοντας σιγά - σιγά πίσω τον προδομένο και απογοητευμένο κόσμο του Απόλλωνα. Αυτή η προσπάθεια, μέσα σ΄ ένα αρνητικό αθλητικό και κοινωνικοπολιτικό περιβάλλον, στηρίζεται από όλο και περισσότερους Απολλωνιστές.