Το 1904 ο Απόλλωνας έλαβε μέρος στους Πανελλήνιους Αγώνες, που οργανώθηκαν στην Αθήνα. Η Σμύρνη αντιπροσωπεύτηκε από αθλητές του Απόλλωνα και του Πανιωνίου. Πολλές νίκες κατέκτησαν οι αθλητές του Απόλλωνα: Αναστάσογλου, Ματθαίος Δεσποτόπουλος, Κύρος Αλεξίου, Δημήτριος Μουράτης και Χ. Λόχνερ. Στους νικητές αυτούς ο πρίγκηπας Νικόλαος έδωσε κότινους από το ιερό Αλσος της Ολυμπίας.
Ο Αθηναίος λογοτέχνης Ι. Δαμβέργης που αντιπροσώπευσε τον Απόλλωνα στην Αθήνα, ανήγγειλε τηλεγραφικώς στη Σμύρνη τη νίκη των αθλητών του 1894: Οι πρώτοι αγώνες Απόλλωνα. Ο πρόεδρός του, συγκινημένος του απάντησε: “Περιπτυσσόμεθα ευγνωμόνως. Ασπάσασθε ημίν πανελληνιονίκας”.
Την Πρωτομαγιά του 1905 τη γιόρτασε ο Απόλλων με παρέλαση όλων των αθλητών του σε έναν από τους κυριότερους δρόμους της Σμύρνης, έχοντας επι κεφαλής τη μουσική του συλλόγου. Η μουσική κίνηση του Απόλλωνα υπήρξε πάντοτε ζωηρή. Η ορχήστρα του λάμβανε μέρος σε γιορτές και πανηγυρικές συγκεντρώσεις. Κάθε Κυριακή έπαιζε στην “υψηλή” Λέσχη των κυνηγών. Επίσης, ο Απόλλωνας οργάνωνε τακτικά διαλέξεις και φιλολογικές συγκεντρώσεις ως και λογοτεχνικούς διαγωνισμούς.
Γενικά πρωτοστατούσε στη Σμύρνη σε κάθε καλλιτεχνική και πνευματική κίνηση. Οργάνωσε επίσης και αθλητικούς αγώνες αποκλειστικά για φιλανθρωπικούς σκοπούς και για ενίσχυση των ιδρυμάτων της Σμύρνης.
Στους αθλητικούς αγώνες του 1906 μεταξύ του Απόλλωνα και Πανιωνίου, νικητές αναδείχθηκαν οι αθλητές του Απόλλωνα Γούναρης, Πατεστίδης και Κ. Αλεξίου. Την ίδια εποχή ο Απόλλωνας ζήτησε να καθιερωθούν στη Σμύρνη αντί των Απολλωνιστικών και Πανιωνίων αγώνων, οι Παμμικρασιατικοί. Η προσπάθειά του ναυάγησε εξαιτίας επίμονης άρνησης των τότε διοικούντων τον Πανιώνιο.
Το ίδιο έτος (1906) ο Απόλλωνας έλαβε μέρος στους Ολυμπιακούς Αγώνες των Αθηνών. Οι Θεολόγος, Αναστασόγλου και Ματθαίος Δεσποτόπουλος αναδείχθηκαν Ολυμπιονίκες στο πένταθλο.